分子動(dòng)力學(xué)模擬（molecular dynamics simulation）是一種基于物理、化學(xué)、數(shù)學(xué)等學(xué)科，模擬粒子體系的微觀運(yùn)動(dòng)的方法。在流體動(dòng)力學(xué)、新材料、生物醫(yī)藥等方向應(yīng)用較多。在藥物設(shè)計(jì)中可用于藥物與受體相互作用分析、結(jié)合能計(jì)算，抑制劑構(gòu)效關(guān)系分析、受體氨基酸突變研究、大分子變構(gòu)調(diào)節(jié)機(jī)制研究等等。

常用分析：

1.模型穩(wěn)定性分析

穩(wěn)定性分析是后續(xù)分析的保障，包括：

1）RMSD分析、RMSF分析

2）軌跡聚類分析

3）B-factor分析等

2.結(jié)合自由能分析

藥物與受體的結(jié)合自由能是藥物活性的重要評(píng)價(jià)指標(biāo)、結(jié)合自由能大小可作為化合物活性預(yù)測(cè)的依據(jù)，包括：

1）結(jié)合自由能計(jì)算（MMPBSA）

2）分子間相互作用力（范德華項(xiàng)、靜電項(xiàng)）

3）溶劑化自由能（非極性項(xiàng)、極性項(xiàng)）等

3.熱點(diǎn)殘基分析

熱點(diǎn)殘基，在藥物與受體結(jié)合或蛋白與蛋白結(jié)合模型中，即是通常所說(shuō)的關(guān)鍵氨基酸殘基。分析熱點(diǎn)殘基可以幫助理解藥物的活性差異及受體的抑制機(jī)理。常用方法包括：

1）RMSF分析

2）結(jié)合自由能分解

3）B-factor分析等

4.相互作用分析

在分析受體-配體的結(jié)合模式時(shí)，除結(jié)合自由能外，相互作用分析同樣重要。包括：

1）氫鍵分析

2）距離、角度、二面角分析

3）鹽橋分析等

5.受體性質(zhì)分析

蛋白性質(zhì)分析是分子動(dòng)力學(xué)模擬的一個(gè)重要板塊，可用來(lái)分析受體的變構(gòu)調(diào)節(jié)、突變前后性質(zhì)變化、抑制機(jī)理解釋等方面。包括：蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析 ，B-factor分析、RMSF分析

1）試劑可及表面積（SASA）分析

2）回旋半徑、徑向分布函數(shù)分析等