同源建模（homology modeling），即將一個與目標(biāo)蛋白具有良好同源性的蛋白的三維模型作為模板，預(yù)測目標(biāo)蛋白的三維結(jié)構(gòu)。

蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)作為基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)和理解其生物學(xué)功能的重要基礎(chǔ)，具有不可替代的作用。

但目前蛋白晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的已知蛋白晶體結(jié)構(gòu)有限。

同源建模構(gòu)建蛋白的三維結(jié)構(gòu)，具有良好的可信度，是目前最成熟，應(yīng)用最多的蛋白質(zhì)虛擬建模技術(shù)。